El objetivo del Programa MECESUP 3 es mejorar la calidad y relevancia de la educación superior a través de la ampliación del sistema de financiamiento basado en resultados. Dicho de otra forma, el objetivo principal de MECESUP es ayudar a las instituciones de educación terciaria a alcanzar la excelencia. Una institución de educación terciaria es excelente cuando produce graduados que, a través de su experiencia educacional, logran adquirir conocimientos y habilidades relevantes y de alta calidad. Algunas instituciones de educación terciaria excelentes, especialmente aquellas que ofrecen formación de postgrado, podrán también producir investigación científica y otros conocimientos sistemáticos, de acuerdo con su misión y vocación. El propósito de MECESUP es proveer un financiamiento que estimule y facilite niveles mayores de excelencia, a través de convenios con objetivos sujetos a plazos acordados. De esta forma, MECESUP 3 busca hacer del financiamiento por resultados un rasgo estándar del sistema de financiamiento de las IES chilenas, un soporte principal de la calidad y relevancia de la educación terciaria, y un instrumento familiar comprendido por todas las IES en Chile.